工業電子顯微鏡主要用于研究細胞內物質的吸收、運輸、化學物質的分布及定位等。細胞中有些物質，如葉綠素等，受紫外線照射后可發熒光；另有一些物質本身雖不能發熒光，但如果用熒光染料或熒光抗體染色后，經紫外線照射亦可發熒光，該設備就是對這類物質進行定性和定量研究的工具之一。
光路中需加上一個雙色束分離器，它與光鈾呈45度，激發光被反射到物鏡中，并聚集在樣品上，樣品所產生的熒光以及由物鏡透鏡表面、蓋玻片表面反射的激發光同時進入物鏡，反回到雙色束分離器，使激發光和熒光分開，殘余激發光再被阻斷濾片吸收。如換用不同的激發濾片、雙色束分離器、阻斷濾片的組合插塊，可滿足不同熒光反應產物的需要。
為了能用計算機存貯、處理和分析圖像，需將圖像數字化。一幀圖像是由不同灰度的一種分布所組成，用數學符號表示為j=j（x,y），x、y為圖像上像素點的坐標，j則表示其灰度值。那么如何操作工業電子顯微鏡呢？
1、將本設備置于一個對操作員舒適的工作臺平臺，然后打開反射光（表面光），在顯微鏡底座上放上一個式樣，比如硬幣，將變倍旋鈕旋到至低倍數,通過調節升降組找到大致焦平面。
2、調整目鏡的觀察瞳距，并調整目鏡上的屈光度以找到焦平面。
3、利用以上方法，逐漸旋大變倍旋鈕的倍數，適當調節顯微鏡的升降組，逐漸找到至大倍數的焦平面。調節過程中，請利用硬幣上比較明顯的參照點比對成像的清晰度。
4、將變倍旋鈕旋到至低倍數，也許像會有一些失焦，此時請不要再調節升降組進行對焦，只需調節兩只目鏡上面的屈光度已適應眼睛的觀察（屈光度因人而異）。此時，顯微鏡已經齊焦，即顯微鏡從高倍變倍到低倍，整個像都在焦距上。同樣的試樣，我們不需要再調節顯微鏡的其他部件，只需要旋動變倍旋鈕就可以輕松對試樣進行變倍觀察了。
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